Năm 2007 và 2008, FIA đã bị chỉ trích về hai vấn đề. Cuộc tranh cãi về gián điệp trong giải Công thức 1 năm 2007 liên quan đến các cáo buộc chống lại McLaren, đội đua bị buộc tội ăn cắp bí mật công nghệ từ Ferrari. Nhận xét về cách FIA xử lý tình huống này, Martin Brundle đã viết một chuyên mục trên tờ Sunday Times với tựa đề "Witch-hunt threatens to spoil world title race", trong đó ông cáo buộc FIA là một kẻ săn phù thủy chống lại McLaren. Hội đồng Thể thao Ô tô Thế giới đã trả lời bằng cách đưa ra một bài viết chống lại tờ Sunday Times, cáo buộc tờ báo phỉ báng.[5] Brundle đã trả lời bằng cách nói rằng "Tôi có quyền được ý kiến" và cho rằng bài viết này là một "dấu hiệu cảnh báo cho các nhà báo khác".[6]

Năm 2008, các cáo buộc nổi lên rằng Chủ tịch FIA, Max Mosley, có liên quan đến một hành vi tình dục tai tiếng. Sau quyết định vào tháng 6 năm 2008 của FIA về việc tiếp tục giữ Max Mosley làm chủ tịch, chi nhánh FIA của Đức, ADAC (cơ quan vận động lớn nhất châu Âu), đã tuyên bố: "Chúng tôi rất tiếc nuối và nghi ngờ về quyết định của Đại hội đồng FIA tại Paris, về việc xác nhận Max Mosley tiếp tục tại chức chủ tịch FIA". Điều này làm đóng băng tất cả các hoạt động của tổ chức này ở Đức với FIA ở Paris cho đến khi Max Mosley rời nhiệm sở.[7]